OMIC Webinar #3: Plant Genomics and Bioinformatics – The power of long read sequencing

Η OMIC-Engine, η Εθνική Ερευνητική Υποδομή στη Συνθετική Βιολογία, στο τρίτο OMIC Webinar εισάγει το κοινό στη Γονιδιωματική των Φυτών και τις Βιοπληροφορικές αναλύσεις.

Στο τρίτο Webinar με τίτλο «Plant Genomics and Bioinformatics – The power of long read sequencing», την Τρίτη 18 Μαΐου 2021, η OMIC-Engine καλωσορίζει τον Boas Pucker, μεταδιδακτορικό ερευνητή στο Τμήμα Επιστήμης Φυτών του Πανεπιστημίου Cambridge του Ηνωμένου Βασιλείου.


Οι υψηλής ποιότητας και ανάλυσης αλληλουχίες φυτικών γονιδιωμάτων αποτελούν το κλειδί για την αποκάλυψη του βιοχημικού δυναμικού των φυτών και την κατανόηση των εξελικτικών διαδικασιών στον κόσμο των φυτών. Οι γνώσεις που έχουμε αποκτήσει από αυτές τις αναλύσεις αποτελούν τη βάση για τη βελτίωση των χαρακτηριστικών στις αγροτικές καλλιέργειες. Η ανάγνωση αλληλουχιών έχει επιλεγεί ως η καταλληλότερη μέθοδος για την ανάλυση του γονιδιώματος. Στην ομιλία του Boas Pucker, θα παρουσιαστούν ερευνητικά έργα που αφορούν τον προσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδιώματος φυτικών οργανισμών που κυμαίνονται από τον οργανισμό-μοντέλο Arabidopsis thaliana έως είδη καλλιέργειας, όπως ζαχαρότευτλα και αμπέλια. Συγκεκριμένα, θα επισημανθεί μία έρευνα για τη βιοσύνθεση χρωστικών ουσιών στο Caryophyllales ως παράδειγμα συγκριτικής γονιδιωματικής. Παράλληλα, θα περιγραφούν τα βιοπληροφορικά εργαλεία, MGSE, για τον υπολογισμό του μεγέθους του γονιδιώματος, NAVIP, για τη λειτουργική επισήμανση αλληλουχιών, KIPE, για την επισήμανση βιοσυνθετικών μονοπατιών και τέλος, loreta, για την ανάλυση της ένθεσης του Τ-DNA. Αυτή η ομιλία αποτελεί μία επισκόπηση των διαφόρων εφαρμογών της αλληλούχησης στη γονιδιωματική των φυτών.


Το ερευνητικό υπόβαθρο του Boas Pucker αφορά τη γονιδιωματική των φυτών και την εφαρμοσμένη βιοπληροφορική. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του στο Κέντρο Βιοτεχνολογίας (CeBiTec) στο Πανεπιστήμιο του Bielefeld, εργάστηκε σε διάφορα ερευνητικά έργα που αφορούσαν την αλληλούχηση του γονιδιώματος φυτών. Συμμετείχε επίσης στον διαγωνισμό iGEM εποπτεύοντας τις ομάδες «Bielefeld-CeBiTec» από το 2016 έως το 2019 και ως κριτής από το 2016. Επιπλέον, ο Boas Pucker υποστήριξε ομάδες iGEM από όλο τον κόσμο μέσω του After iGEM Mentorship Programme. Επί του παρόντος, εργάζεται ως μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Επιστημών Φυτών του Πανεπιστημίου Cambridge του Ηνωμένου Βασιλείου. Η έρευνά του επικεντρώνεται στη μελέτη της εξέλιξης της βιοσύνθεσης χρωστικών στο Caryophyllales. Δύο διαφορετικές χρωστικές ουσίες, οι ανθοκυανίνες και οι betalains, φαίνεται να ανήκουν αποκλειστικά σε οικογένειες του Caryophyllales. Ο Boas Pucker διερευνά επίσης γονίδια που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση betalain, σε διάφορα είδη, συγκρίνοντας τις αλληλουχίες του γονιδιώματος τους.


Την Τρίτη 18 Μάϊου στις 16:00 θα έχουμε όλοι την ευκαιρία να γνωρίσουμε διαδικτυακά τον κόσμο της Γονιδιωματικής των Φυτών και της Βιοπληροφορικής.


Μπορείτε να κάνετε εγγραφή για να παρακολουθήσετε το Webinar εδώ.


Παρακολουθείστε ξανά τα OMIC Webinars στο YouTube.


Για περισσότερες πληροφορίες για το ερευνητικό έργο του Boas Pucker, επισκεφθείτε τους παρακάτω συνδέσμους:


https://www.plantsci.cam.ac.uk/directory/pucker-boas

https://www.cebitec.uni-bielefeld.de/~bpucker


Ακολουθείστε τον Boas Pucker στο Twitter @boas_pucker και στο Linkedin ή επικοινωνήστε μαζί του μέσω e-mail στο bpucker@cebitec.uni-bielefeld.de.